实时基因组测序有助于控制医院疫情

发表在开放获取期刊上的一篇文章报道了利用实时全基因组测序来帮助控制医院疫情的开创性应用基因组医学．这项研究证实了使用该技术作为一种跟踪和控制医院耐药病原体传播的快速和具有成本效益的方法。

鲍曼不动杆菌是一种在全球医院中发现的多药耐药病原体，并在伊拉克和阿富汗战争中对伤亡人员构成重大威胁。它影响严重的病人，尤其是创伤和烧伤病人通常会导致肺炎和血流感染。据估计，医疗相关感染(HAIs)每年要花费英国10亿英镑，而且在任何特定时间，每15名患者中就有1人患有HAIs。

整个基因组测序该技术可以对生物体的整个DNA进行测序，被认为是控制HAIs工具包中有前途的新成员。传统方法通常是回顾性应用的，获得的关于病原体DNA的信息有限，因此很难比较患者是否携带相同的细菌和跟踪疫情的传播。

在这篇论文中，来自伯明翰大学、华威大学和国家卫生研究所外科重建和微生物学研究中心的研究人员报告了如何全基因组测序用来控制爆发的答:baumannii2011年在伯明翰伊丽莎白女王医院。这次疫情是在一名来自阿富汗的爆炸伤军人入院后开始的，持续了80周——这使它成为迄今为止描述的这种病原体爆发时间最长的一次。这名患者携带了一种新的细菌菌株，以前在该地区的医院中没有观察到这种菌株。在首次使用传统方法试图遏制病原体之后，研究人员决定在疫情爆发过程中切换到全基因组测序。

通过对患者和环境的采样，研究人员能够确定74名患者属于疫情爆发。然后，他们确定了每个患者携带的细菌的详细基因组成，并使用这些数据，以及患者所在病房的信息，以及他们第一次阳性检测的日期，确定了近70个可能的传播事件。有了这些详细的信息，研究人员就能够精确地找到传播热点医院其中包括一间手术室和一张专门治疗烧伤的床病人．

随后，医院对这些传播地点进行了深入清理，并制定了新的去污方案。2013年5月，疫情被宣布结束。该研究的主要作者、华威大学的Mark Pallen说:“我们已经证明了如何在临床有帮助的时间框架内应用全基因组测序来跟踪和控制耐药医院的传播。病原体．在这种情况下，它有助于理解和控制可能是最长的运行时间答:baumannii在这个国家从未有过的疫情。”