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一个微生物(源自希腊语:μικρό ζ，mikros，“小”和ὀργανισμό ζ，生物,“有机体”;也拼微型生物或微生物)或微生物是一种微观的生物(通常太小，肉眼看不到)。微生物的研究被称为微生物学，这门学科始于安东·范·列文虎克(Anton van Leeuwenhoek)在1675年用他自己设计的显微镜发现微生物。

微生物是非常多样的;它们包括细菌、真菌、古生菌和原生生物;微小植物(称为绿藻);还有浮游生物、涡虫和变形虫等动物。一些微生物学家也包括病毒，但其他人认为这些是无生命的。大多数微生物是单细胞的，但这不是普遍的，因为一些多细胞生物是微观的，而一些单细胞原生生物和细菌，如Thiomargarita namibiensis，都是肉眼可见的。

微生物生活在生物圈中所有有液态水的地方，包括土壤、温泉、海底、高空大气和地壳岩石深处。微生物作为分解者，对生态系统中的养分循环至关重要。由于一些微生物可以固定氮，它们是氮循环的重要组成部分，最近的研究表明，空气中的微生物可能在降水和天气中发挥作用。

微生物也被生物技术领域的人们所利用，无论是传统的食品和饮料制备，还是基于基因工程的现代技术。然而，致病性微生物是有害的，因为它们侵入并生长在其他生物体中，引起导致数百万人、其他动物和植物死亡的疾病。