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结肠镜检查是将CCD摄像机或光纤摄像机置于通过肛门的柔性管上，对大结肠和小肠远端进行内窥镜检查。它可以提供视觉诊断(如溃疡、息肉)，并为活检或移除可疑病变提供机会。

虚拟结肠镜检查使用计算机断层扫描(CT)或核磁共振(MR)扫描重建的2D和3D图像，作为一种完全非侵入性的医学检查也是可能的，尽管它不是标准的，而且其诊断能力仍在研究中。此外，虚拟结肠镜不允许治疗操作，如息肉/肿瘤切除或活检，也不能显示小于5毫米的病变。如果使用CT结肠镜检查发现生长或息肉，仍然需要进行标准结肠镜检查。

结肠镜检查可以切除小至一毫米或更小的息肉。一旦息肉被切除，就可以在显微镜的帮助下进行研究，以确定它们是否是癌前病变。

结肠镜检查与乙状结肠镜检查相似，但并不相同，其区别在于每个结肠镜检查的是结肠的哪个部分。结肠镜检查允许检查整个结肠(测量长度为4到5英尺)，乙状结肠镜只允许医生查看结肠的最后两英尺。乙状结肠镜通常被用作全结肠镜检查的筛查程序，在许多情况下与粪便潜血试验(FOBT)结合使用，后者可以检测整个结肠中癌细胞的形成。在其他情况下，对于溃疡性结肠炎或克罗恩病活动性发作的患者，乙状结肠镜优于全结肠镜检查，以避免结肠穿孔。此外，外科医生最近一直在使用术语“邮袋镜”来指回肠肛门袋的结肠镜检查。