对大脑BrainScope-a新视图

莱顿大学医学中心的研究人员(LUMC)和荷兰代尔夫特科技开发了一个门户网站,有助于促进大脑研究。使用BrainScope,研究人员可以快速、交互式地探索大脑的基因活动。“BrainScope显示模式,你可能永远不会注意到,”教授说Boudewijn Lelieveldt(医学教授三角洲和隶属于LUMC和荷兰代尔夫特科技)。

Lelieveldt教授的首席研究员约BrainScope出版核酸的研究。第一作者会豪氏威马,博士生在生物信息学在代尔夫特理工大学",在很多会议上已经提出了BrainScope:“人们都很热情。的门户网站只是在浏览器中运行在PC机,它的工作原理非常快。”

BrainScope是基于两个脑图谱包含数据在成人和基因活动发展人类的大脑。这些地图集由艾伦脑科学研究所(美国西雅图)公开共享通过brain-map.org。编译成人阿特拉斯,大约3700组织样本来自不同的大脑区域的活动进行了研究约20000基因。

“这是一个巨大的数据库,具有丰富的信息,”豪氏威马说。“使用这个公共数据,你可以进行两种分析:要么比较基因在大脑的活动模式,或比较组织样本的基因活动。然而,直到现在,很难获得一个清晰的、完整的概述所有基因在整个大脑。与BrainScope我们填补了这一空白。”

BrainScope允许研究人员联系活跃的基因的大脑区域。20000个基因是可视化点云;大脑不同区域的组织样本是在另一个云。在云中使用统计技术,基因映射接近对方如果他们表达相同的大脑区域。同样的,组织样本分组根据他们的基因活动概要文件。旁边的两个云,门户包括大脑图像说明基因活跃在一个解剖上下文。

用他的鼠标,巴尔德尔·凡·卢(LUMC,放射学),建立BrainScope,画了一个圆在基因云。“我现在在这个圆选定的一组基因。我将寄给一个网站,知道成千上万的基因的功能;看,事实证明这些基因参与了免疫系统。基因表达在一起,从而接近彼此在云中——通常有一个类似的功能。”Simultaneously, the areas of the brain light up, in which the selected genes are collectively active. Lelieveldt says: "In this case, the brain images show that the area where these genes are active is the white matter. This is where glial cells are located that play a role in immunity. Consequently, you can easily track down links between gene activity, function and brain anatomy. This enables you to come up with new research topics or hypotheses."

组织样本来自大脑跨越八个不同的年龄组使用BrainScope也进行了分析。豪氏威马和他的同事创造了一个基因云为每个年龄组。这使得研究人员研究的变化基因活性在大脑发展。