基因组学和社会网络分析团队解决疾病暴发

结合全基因组测序的细菌的尖端技术和社交网络分析,公共卫生官员可以得到一个更详细的疾病暴发的照片,将更好地帮助跟踪和阻止他们,科学家说今天在美国微生物学会第111届大会。

“公共卫生机构现在能够利用基因组测序,,当结合详细的临床和流行病学数据访问,让我们重建暴发和真正了解病原体穿过人群,”Jennifer Gardy说不列颠哥伦比亚省的疾病控制中心提供一个案例研究,她和她的同事们使用这种新技术跟踪并最终停止结核病爆发在该省。

肺结核的爆发发生在3年时间内中型社区在不列颠哥伦比亚省。为了阻止事件,公共卫生官员转向传统流行病学方法识别源和其他因素,但结果是模糊的。

研究人员结合两新工具得到一个清晰的爆发:社会网络分析,已成为越来越普遍的在跟踪传染病在过去的十年里,全基因组测序(整个微生物的DNA的分析),已成为更便宜和更少的浪费时间在过去的几年里。

“一种病原体的完整基因组序列是终极的DNA指纹图谱,现在,与基因组测序相关的成本和时间下降几乎成倍增长,是可能的序列大部分或所有的细菌隔离来自和疫情,”Gardy说

虽然这听起来像是与Facebook社交网络分析进一步发展了传统的流行病学,询问病人不仅仅与他们联系。在这种情况下Gardy和她的同事要求病人详细叙述的时间每天包括他们和他们所做的这些地方。

”而不是得到一个名单,你的名字,和行为的地方,你可以描述一个更详细的底层结构。关键的人、地方和某些行为可能导致爆发的传播变得更加明显,让你实时调整你的疫情调查这一新的信息可用,“Gardy说。

使用这种新的组合技术,研究人员最终确定疫情很可能不是由基因变化煽动病原体,但相反,可能是由于增加的使用可卡因的社区。疾病正在传播在裂缝的房子里人们咳嗽经常在一起而花上几个小时在通风不良的房间。

此外他们可以确定几个关键个人充当传播者,他们这些人社会关系良好且sympotmatic很长一段时间。这些信息被用于一个当前疫情调查,公共卫生官员正试图社会流行的人筛选作为优先目标。

“我们爆发了,绝对是个神秘的传统方法,解决了使用基因组测序Gardy召表示:“和社会网络分析,这和其他基因流行病学研究”一个新的和令人兴奋的方向流行病学和传染病的研究,特别是对公共健康机构。”