基因组监测对于缓解和控制COVID-19至关重要

尽管有效和安全疫苗的开发和日益广泛的可获得性为未来从破坏性日益严重的COVID-19大流行中恢复带来了最大的希望，但基因组监测正在成为实现有效缓解和遏制的至关重要的必要条件。美国报告的COVID-19病例居世界首位，但在病毒变异的监测和基因组测序方面，美国在全球排名第43位。

佛罗里达大西洋大学施密特医学院的研究人员及其合作者在该杂志上发表了一篇关于基因组监测以对抗COVID-19的评论柳叶刀微生物．一个多世纪以来，传染病的流行病学监测，或通过系统收集、整合和传播数据，对发病率的分布和趋势进行监测，一直是疾病控制的金标准。就COVID-19而言，研究人员表示，基因组监测对于在它们传播到美国和世界其他地区之前就发现表型或抗原性不同的变异同样至关重要。

“基因组监测利用新一代测序和系统发育方法的应用，促进更早的预测，并启动有效的战略，以减轻和控制SARS-CoV-2变体和其他疾病的爆发新型病毒Janet D. Robishaw博士说，她是第一作者，施密特医学院生物医学科学系的研究高级副院长和主席。“基因组测序在识别突变方面非常有用，包括与疫苗效力降低或病毒传播性增加相关的突变。具有共同突变的其他变体对治疗的反应可能相似，并进一步证明了基因组监测的必要性。”

在评论中，作者解释说，与包括流感在内的其他RNA病毒类似，SARS-CoV-2在其基因组中不断积累多态性。随着病毒基因组获得这些核苷酸变化后，研究人员可以将创新的基因组分析与更传统的流行病学工具结合起来，以便对关注的新变异进行早期表型和免疫学表征。

Robishaw说:“除了利用这些变化来识别可能在人群中传播的不同病毒谱系外，序列信息的可用性还允许研究人员识别可能改变检测、传染性或疾病严重程度的变异。”“人们特别感兴趣的是负责宿主细胞结合和进入的刺突蛋白的变化，这可能会导致现有诊断测试的假阴性。此外，这种变异可能会影响传播率、健康结果、治疗反应和疫苗有效性。”

这组科学家指出，除了基因组检测外，还需要通过建立全球能力、提供科学和技术专门知识以及支持欠发达国家和弱势人群，在全球范围内采取行动来跟踪病毒感染的演变。他们说增加容量监测全球层面的基因组测序将有助于更有效地应对当前的大流行，不仅在影响病毒进入的刺突区域捕获未被检测到的新变异，而且还在影响病毒复制、校对和转录的病毒基因组的其他部分捕获。

通讯作者、施密特医学院急诊医学副教授Scott M. Alter医学博士、工商管理硕士说:“高收入国家在流行病学和基因组学方面加强国际合作，也为低收入国家提供了希望，在这些国家可以采取缓解和遏制措施。”