基因组学研究确定了护理房屋中冠状病毒的传播途径

根据今天发表的新研究，利用有关病毒样本之间的遗传差异的信息，可以帮助确定如何在护理家庭环境中展开的SARS-COV-2如何差价。

护理房屋处于经历爆发的Covid-19，由SARS-COV-2引起的疾病的高风险。老年人和受心脏病影响的人，呼吸系统疾病和2型糖尿病 - 所有这些都随着年龄的增长而增加 - 是严重疾病甚至死亡的风险，使护理家庭人口尤为脆弱。

护养院被认为是传染病的高危场所，原因有以下几个方面:通常是体弱多病的老年人的潜在脆弱性、有多个公共空间的共享生活环境以及住客、工作人员和访客在封闭空间内大量接触。

在今天发表的研究中el一支由剑桥大学大学的科学家领导的团队，利用基因组测序和细节流行病学信息的组合来检查Covid-19对护理家园的影响，并查看病毒在这些设置中的传播方式。

SARS-COV-2是RNA病毒，并且在每次复制时，其遗传密码易于错误。目前估计每月以2.5个核苷酸（A，C，G和U）的速率突变的病毒突变。阅读或“测序” - 病毒的遗传密码可以提供有关其生物学和传输的有价值的信息。它允许研究人员创建“家庭树” - 称为系统发育树 - 显示样本如何彼此相关。

剑桥的科学家和临床医生率先使用基因组测序和流行病学信息来追踪医院和社区医疗机构中的疫情和传播网络，帮助提供信息感染控制措施打破传播的链条。自2020年3月以来，作为COVID-19基因组英国(COG-UK)联盟的一部分，他们一直将这种方法应用于SARS-CoV-2。

在这项新研究中，研究人员分析了2月2日和10月10日的6,600名患者收集的样品，并在剑桥公共卫生英格兰（PHE）实验室。在所有情况下，1,167名（18％）是337家护理家庭的护理家庭居民，其中193人是住宅家庭和144名护理家园，英国东部的大多数。家庭居民的中位数年龄为86岁。

虽然每家护理院的病例中位数为2例，但数量最多的10家护理院共有164例。有一个轻微的趋势，养老院有更多的案例住宅，中位数三个案例。

与因COVID-19住院的非护理之家居民相比，住院的护理之家居民被送入重症监护病房的可能性更低(低于7%，而非21%)，死亡的可能性更高(47%对20%)。

研究人员还探讨了护理家庭和医院之间的联系。在研究期间，68％的护理家庭居民被录取为医院。57％的Covid-19录取，6％的病例涉嫌疑似医院收养的感染，33％在持久试验的七天内从医院出院。这些发现突出了医院和护理家庭环境之间的SARS-COV-2传输的充足机会。

当研究人员检查病毒序列时，他们发现，对于几个患者数量最多的一些护理群，所有病例都会聚集在系统发育树上，其具有相同的基因组或仅为一个碱基对差异。这与护理家庭内的单一爆发蔓延一致。

相比之下，对于其他几个护理室，病例分布在系统发育树上，更广泛遗传差异暗示这些情况中的每一个都与共享传输源无关。

“在看护之家的老年人,尤其是那些谁可能是虚弱的,从COVID-19面临的风险尤其高,所以我们尽我们所能保护他们,“雅诗托罗博士说,荣誉顾问Addenbrooke医院,剑桥大学医院(CUH),和荣誉高级剑桥大学访问学者。

“防止将新的感染引入养老院应该是限制疫情爆发的关键优先事项，同时采取感染控制措施，限制养老院内的传播，包括一旦确定疫情爆发。”

该团队发现了两种与医疗保健工人有关的集群。其中一个涉及的护理家庭居民，一个来自那个家的护理人，另一个来自未知的护理家庭，医护人员和与他们一起生活的人。第二次涉及剑桥大学医院的几名护理家庭居民和急性医务人员NHS基金会信托，谁关心至少一个居民。不可能说这些簇的起源于病毒的传播方式。

“使用这种”基因组监测“的技术可以帮助如护理家庭和医院的机构更好地了解允许Covid-19传播的传输网络，”威廉·汉密尔顿博士从剑桥大学和CUH添加。“这可以通知感染控制措施，有助于确保这些地方尽可能安全，居民，患者，员工和访客尽可能安全。”

诊断的Covid-19案件来自护理家庭居民的绝对数量在四月比非 - 非护理家庭居民，增加了案件的比例护理家园并促进4月20日和5月早期的总案例数量的慢速下降速度。

“我们的数据表明，与非护理机构相比，护理机构传播对封锁措施更有抵抗力。这可能反映了养老院人口的潜在脆弱性，以及护理多个可能共享公共生活空间的居民所面临的感染控制挑战。”

该团队发现了英国以外的新病毒谱系，这可能反映了在第一次流行波和锁定期间将新的病毒介绍限制进入一般人群的新的病毒介绍。

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