COVID-19传输链在英国使用基因流行病学准确跟踪

一组科学家,由牛津大学和爱丁堡大学的研究人员分析了第一波COVID-19疫情在英国和生产最精细、全面的基因组分析任何流行病的传播。

他们的分析利用> 50 k的病毒基因组sequences-26k聚集在英国COVID-19基因组学(COG-UK) consortium-offering前所未见的洞察起源和传播行为链开始以来的大流行。

完整的分析,发表在科学表明,该病毒被介绍给英国超过一千倍在2020年初的速率和源引入很快改变。在这段时间最多的介绍了传输链从西班牙(33%)、法国(29%)、意大利(12%),然后——与中国的进口仅占0.4%。研究显示英国国家封锁如何影响个人传播链。

相应的位联席作者,Oliver Pybus教授从牛津大学动物学和牛津马丁学校,说:“这项研究表明,有可能准确地跟踪单个病毒传播血统通过时间和空间。每周进行分析意味着基因组跟踪可以成为公共卫生监测的重要组成部分。”

结果提供了一个重要的上下文现在发生了什么在英国的第二波,以及团队已经导致了识别的新变体(称为B.1.1.7)在英国迅速增长。新变型的科学家们说,详细比较的行为与第一波血统将是至关重要的理解为什么B.1.1.7现在蔓延得如此之快。

2020年3月前锁定,高旅游卷和一些限制国际移民导致的建立和co-circulation > 1000的英国输电血统,共同导致加速流行迅速增长,超过了国家接触者追踪能力。

教授Pybus说,“通过重建何时何地COVID-19早些时候介绍给英国,我们可以看到,旅行和检疫措施可以帮助减少加速度和英国的第一波强度的情况下。”

团队预计类似的趋势也发生在其他国家的国际旅行相对大流行和高卷。

在英国国家封锁恰逢进口和降低区域有限血统尺度依赖的多样性,对血统灭绝的影响,这意味着最大和最广泛的血统坚持到夏天。

SARS-CoV-2传输的over-dispersed性质可能是支持更大的生存更大的,更广泛的血统和更快的地方消除低流行地区的血统,突显出快速或先发制人的干预措施在减少传播的重要性。

幸存的血统的程度导致了英国正在进行的2020年秋季和冬季流行,包括特定变异血统增长率的影响,目前正在接受调查。

传动结构和动力学测量在这项研究首次提供了一个新的上下文未来公共卫生行动的地区,国家,国际尺度应该计划和评估。

位联席作者路易博士du Plessis),从牛津大学动物学,说,“我们的工作提供了无与伦比的观点在一个流行到发生了什么。英国股票大量的病毒基因数据公开每周,如果你没有这种级别的监视你不会知道病毒进化的真实情况传输。"

位联席作者、真实性希尔博士研究员,爱丁堡大学,说:“这种连续的,在全国范围内协调基因组测序不仅允许高分辨率分析我们提出,但是也帮助其他国家将他们的基因组数据上下文,帮助全球大流行应对。”

能够提高基因监测在大规模由英国决定基金COVID-19基因组学(COG-UK) 4月财团和建立在几十年的蓝天基本研究病毒进化,由牛津大学和爱丁堡大学,研发了理论导致科学家手头有这些工具和理论。

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