“基因组指纹”帮助我们追踪冠状病毒疫情。它是什么?它是如何工作的?
如果你在1月份告诉我，“基因组学”将在2020年成为一个流行词，我会认为你疯了。
但COVID-19大流行使医学科学成为我们每晚新闻简报的头条。而现在，似乎每个人都在谈论基因组学．
在澳大利亚的第一波COVID-19期间，基因组测序最早的悉尼星团是这对辨别两者的区别至关重要输入性病例和当地社区传播之间的关系。
现在随着第二波病毒抵达新南威尔士州边境，基因组测序追踪到了这种病毒的起源十字路口酒店集群追溯到维多利亚，就像维多利亚的科学家能够追溯墨尔本的爆发一样酒店检疫个案．
基因组测序为我们解开COVID-19局部传播之谜提供了一把钥匙。
但它是什么，又是如何工作的呢?
绘制COVID-19“家谱”
基因组学是对生物内部遗传物质的研究——dna(脱氧核糖核酸)和RNA(核糖核酸)。
基因组测序有效地获取生物体的“遗传指纹”，并绘制出其中DNA或RNA的排列顺序。
COVID-19是一种RNA病毒，通过观察不同病例的基因序列，我们可以发现每个新感染病例的微小差异。
这使我们能够创造一种基因家谱以显示哪些COVID-19病例密切相关，并识别和跟踪聚集性病例。
我们采集的指纹越多，就越容易确定某人是否从已知的群集或病例中感染了COVID-19。
出生在帐篷里:COVID-19基因组测序测试
1月底，从海外热点地区返回的旅行者出现了这种新型冠状病毒的症状——但这种病毒太新了，我们还没有开发出基因组测序测试来证明病毒的来源。
在澳大利亚国庆日的长周末，我和家人在悉尼北部露营度假，我坐在帐篷里，拿着笔记本电脑，设计新南威尔士州的第一个COVID-19基因组测序测试。
与此同时，我来自悉尼大学和新南威尔士州健康病理学的同事们正在韦斯特米德医院的实验室进行测试和整理数据，以确定它是否有效。
从那时起，我们从新南威尔士州的COVID-19阳性棉签检测中收集了遗传物质，并使用我们设计的测序测试，我们能够从209例COVID-19病例中生成遗传数据。
我们的研究最近发表在自然医学揭示了我们如何使用基因组测序和数学建模，对澳大利亚COVID-19的前10周内病例的“亲缘关系”和疾病在新南威尔士州的可能传播提供重要见解。
我们的秘密武器:甜瓜
还记得2018年的甜瓜召回？由于致命的李斯特菌爆发，澳大利亚各地的超市将这些水果(又称哈密瓜)下架。
基因组测序被用来帮助追踪李斯特菌爆发的源头，多年来我们用它来追踪其他食物中毒爆发，以及传播肺结核．
当COVID-19袭击澳大利亚时，我们必须迅速行动，所以我们开始调整这些测试以适应这种新的冠状病毒——它奏效了。
在我们研究的早期，我们能够发现与已知群集或病例无关的病例。
我们发现，四分之一的COVID-19阳性样本是本地传播的，并能够识别养老院等聚集性病例。
将我们的基因组序列与国际数据库我们还确定了澳大利亚的病毒是从哪些国家输入的。
我们报道基因组测序向新南威尔士州卫生部提供接触者追踪的流行病学信息，并告知和改善COVID-19病例的公共卫生随访。
这种知识社区传播的发生，导致该国关闭了国际边界，修订了检测政策，以及联邦和州政府采取了其他措施，以尽量减少病毒的进一步传播。
测序是我们继续抗击COVID-19的关键
我们知道，澳大利亚第一波冠状病毒感染的基因组数据对理解疾病的发展轨迹至关重要，它继续帮助我们破解第二波病毒聚集的密码。
有效的疫苗最多还需要好几个月的时间，而在澳大利亚感染的死灰复烧，关键是我们要继续投资于这项研究，以提高我们长期遏制病毒的能力。
