科研小组发现新的、独特的冠状病毒的突变研究

冠状病毒大流行已经席卷美国,除了跟踪COVID日常情况下,有一个全球科学界参与跟踪SARS-CoV-2病毒本身。

Efrem Lim领导一个团队亚利桑那州立大学,看如何病毒随着时间的推移可能会蔓延,变异和适应。

跟踪全球病毒的痕迹,林的团队使用一项新技术被称为下一代测序亚利桑那州立大学的基因组学工具,快速通读所有30000个化学SARS-CoV-2的信件遗传密码一个基因组。

每个序列存入一个全球基因库,由非营利科研机构称为GISAID。到目前为止,超过16000 SARS-CoV-2序列沉积GISAID EpiCoVTM数据库。序列数据显示,从武汉SARS-CoV-2起源于单一来源,中国,虽然很多亚利桑那州的第一个病例分析显示从欧洲旅行,最可能的来源。

现在,使用382名鼻拭子样本从可能的COVID-19病例在亚利桑那州,林的团队已经确定了SARS-CoV-2突变,从未发现过,81年的信件已经消失,永久地从基因组中删除。

该研究发表在在线版本的病毒学杂志。

Lim说,一旦他手稿上可用数据预印本服务器medRxiv,它吸引了全世界科学界的兴趣,包括世界卫生组织。

“这个变异的原因之一是感兴趣的,因为它反映出了大删除2003非典爆发,”Lim说,亚利桑那州立大学生物设计研究所助理教授。在中期和后期阶段的非典疫情,冠积累突变减毒病毒。科学家认为,导致那么严重削弱了病毒疾病可能有选择优势是否能够有效地传播通过人群感染的人在不知情的情况下。

想搞清到底这意味着Lim深厚的兴趣和他的同事们。亚利桑那大学研究小组包括LaRinda答:荷兰,艾米丽·a . Kaelin早春作物Maqsood, Bereket Estifanos,莉莉。吴,Arvind Varsani,罗尔夫,哈尔登,布伦达·g·霍格和马修的苏格兰威士忌。

ASU病毒学团队已经设置执行研究季节性流感病毒,但当第三例COVID-19亚利桑那州被发现在一个个人1月26日,2020年,他们知道他们所有的科技实力迅速主检查SARS-CoV-2的传播。

“这是科学的机会一生ASU能够有助于了解这种病毒正在蔓延在我们的社区,”林说。“作为一个团队,我们知道我们可以做一个显著差异。”

所有的阳性病例表明,SARS-CoV-2病毒基因组不同,这意味着他们是互相独立的。这表明新病例不与第一亚利桑那州1月,但最近的结果从不同的地方。

81 -碱基对的突变,因为它从来没有被发现在GISAID数据库之前,它还可以提供一个线索病毒如何使人生病。它还可以形成一个新的起点上为其他科学家开发抗病毒药物或制定新疫苗。

SARS-CoV-2使辅助蛋白质,帮助它感染人类宿主,复制并最终在人与人之间传播。基因组删除删除27蛋白质构建块,称为氨基酸的蛋白质ORF7a SARS-CoV-2配件。蛋白质非常类似于2003年冠免疫拮抗剂ORF7a / X4。

ASU团队正在努力执行进一步的实验了解病毒突变的功能结果。病毒蛋白被认为有助于SARS-CoV-2逃避人类的防御,最终杀死细胞。这使病毒感染其他细胞级联连锁反应,很快就会导致病毒复制本身在整个身体,最终导致严重的COVID-19 8 - 14天后最初的感染症状。

Lim指出只有16000 SARS-CoV-2基因组已经测序至今,不到0.5%的压力循环。目前全世界有超过350万的确认COVID-19例。

Lim的集团联手TGen UA和北亚利桑那大学继续跟踪不同的新型冠状病毒基因的菌株。在一起,新成立的亚利桑那州COVID-19基因组联盟(ACGU)希望利用大数据分析和基因映射给亚利桑那州卫生保健提供者和公共政策制定者在战斗越来越流行。

---

---