收集在力拓致力于神经科学》杂志上新项目从2016年Brainhack事件
一个新的集合致力于神经科学项目从2016年Brainhack事件在开放获取期刊已经启动研究思路和成果(力拓)。目前的统计,2016年的“Brainhack项目报告”八个项目报告收集功能,其作者应用开放科学合作研究大脑的推进我们的理解。
为了提供一个开放的论坛,合作项目在脑科学Brainhack组织找到了一个志同道合的伴侣在力拓创新开放的科学杂志。的编辑系列r·卡梅隆克拉多克博士计算神经影像实验室,孩子的思想研究所和内森·s·克莱恩精神病研究所美国。他加入了联合主编皮埃尔Bellec博士联合de neuroimagerie fonctionnelle,中心de矫揉造作的de l 'institut de geriatrie蒙特利尔,加拿大博士丹尼尔·s·格里斯,马克斯·普朗克研究小组“神经解剖学与连通性”,马克斯·普朗克人类认知和脑科学研究所,诺兰Nichols博士通用美国博士和Jorg Pfannmoller,德国格赖夫斯瓦尔德大学。
第一个项目描述发表收集是一种软件管理计划提供一组全面的神经科学软件包展示Gentoo Linux在神经科学的巨大潜力。的团队Horea-Ioan ioana Bechara博士教授约翰·萨博和马库斯·鲁丁博士隶属于苏黎世ETH和大学,瑞士,利用Gentoo的灵活性的环境应对很多挑战在神经科学软件管理,包括系统复现性、系统文档,数据分析再现性,细粒度的依赖管理,容易控制编译选项,并无缝访问尖端软件发布。Gentoo的包可用于广泛的家庭分布和衍生品。“通过Gentoo-prefix,这些神经科学软件包,事实上,还可以访问用户的其他操作系统,”研究人员解释。
量化损伤在一个健壮的方式是基础研究中风后大脑神经解剖学的变化的影响而复苏,手动病灶分割被发现是一个挑战,往往主观的过程。这就是半自动的健壮的量化病变(SRQL)工具箱。开发的南加州大学洛杉矶,优化量化损伤的研究网站。“具体地说,这个工具箱改善的性能统计分析病变通过标准化与白质病变面具调整,报告描述损伤统计,和正常化病变口罩标准调整空间,”解释科学家薰l . Ito朱莉娅·m。甘兰和刘Sook-Lei博士。
被称为Mindcontrol(一个开源的基于web的仪表板应用程序允许用户协作质量控制和牧师神经影像数据。开发的团队Anisha Keshavan和Esha达塔,这两个加州大学博士,旧金山,克里斯托弗•r•马丹波士顿学院,伊恩·m·麦克唐纳博士阿拉巴马大学Mindcontrol提供了一个易于使用的界面,允许用户在体积,注释点和曲线编辑压,将任务分配给其他用户。“我们希望建立一个活跃的开源社区Mindcontrol新特性添加到平台,使大脑更有效的质量控制和协作,”研究人员注意。
加州大学,旧金山,Anisha Keshavan,阿诺Klein博士和Ben Cipollini博士创建了开源的Mindboggle包,它有助于改善标签和形态测量学的估计脑成像数据。使用从Brainhack hackathon灵感和反馈,他们组合在Mindboggle开发一个基于web的、交互式、大脑形状三维可视化的输出。现在,他们正在寻求扩大可视化,以便它涵盖了其他数据除了形状信息,使成千上万的大脑的视觉评估。
皮质表面处理神经影像数据通常需要专用的重量级的软件套件。然而,一个团队从马克斯·普朗克人类认知和脑科学研究所,柏林自由大学,NeuroSpin研究所,法国,想出了一个选择。在神经影像数据处理工具箱Nilearn操作,他们的Python包允许加载和绘制函数不同的表面数据格式以最小的依赖,连同他们的应用程序的例子。“功能易于使用,灵活地适应不同的用例,“解释作者朱莉娅·m·Huntenburg亚历山大·亚伯拉罕,若昂Loula博士Franziskus Liem,博士和盖尔人Varoquaux。“虽然多个特性仍有待添加和改进,这项工作提出了一个第一步Nilearn皮质表面数据的支持。”
进一步解决增加必要性工具专门处理巨大的高分辨率的脑成像数据在他们的解剖细节,茱莉亚·m·Huntenburg收集一个单独的团队工作在另一个面向软件。一个用户友好的独立包装,这个子集CBSTools不需要额外的安装,并允许交互式数据探索在每个处理阶段。
发达的加州大学,旧金山,Cluster-viz是一个web应用程序,它提供了一个平台,基于集群的互动质量控制tractography算法的输出,解释Kesshi m·乔丹的球队Anisha Keshavan,玛丽亚·路易莎铜质把手博士和罗兰·g·亨利。它。
一个项目英国沃里克大学的目标是延长目前的功能神经成像软件包,以生成和报告峰值和集群表voxel-wise推理。卡米尔Maumet博士和教授托马斯·e·尼克尔斯相信,结果扩展”标准化发展的有用的出口任务型功能磁共振成像结果。”
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