宏基因组病原体检测工具可以改变如何诊断传染病

犹他大学的科学家,奥雅纳实验室和IDbyDNA Inc .超高速发展,meta-genomics叫做Taxonomer的分析软件,大大提高了病原体检测的精度和速度。在今天发表的一篇论文基因组生物学的合作者展示能力Taxonomer分析序列的核酸在临床标本(DNA和RNA)和检测病原体,以及病人的基因表达,在几分钟内。

传染性疾病是世界上最大的杀手之一。每年近500万5岁以下儿童死于传染性疾病在全球范围内,然而,许多感染是可以治疗的,如果可以快速、准确地识别病原体的罪魁祸首。

“在传染性疾病领域,这种类型的技术可以测序一样重要人类基因组合著者马克说:“扬德尔博士,犹他大学的人类遗传学教授(U (U), H.A. &本宁埃德娜总统赋予椅架,优基因的发现,中心主任兼联合创始人IDbyDNA。“很少有人有遗传疾病。但在某种程度上,每个人都从感染生病。”

很难传染性病原体隐藏在他们的遗传物质暴露无遗。Taxonomer传染病诊断开辟了一个全新的方法,由复杂的基因组分析和计算技术。病人的样本测序后,通过互联网Taxonomer数据上传。在不到一分钟,该工具显示缩略图库存的病原体样本,包括病毒、细菌和真菌。互动、实时的用户界面Taxonomer由伽柏的IOBIO系统开发的实验室后,DSc,人类遗传学教授U U和优联合中心的基因发现。

“我们的基准分析显示Taxonomer 10到一百倍类似的工具,”合著者罗伯特·Schlaberg说,医学博士,医学博士,英里,奥雅纳实验室和医学主任IDbyDNA的创始人。Schlaberg获得了比尔和梅林达•盖茨基金会的100000美元的赠款申请Taxonomer向儿童高死亡率的减少传染病在资源有限的环境中。

Schlaberg指出,目前的诊断检测仍然在很大程度上依赖于不断增长的文化疑似病原体的实验室,这通常是不确定的和费时。即使有更快速的测试,比如PCR,能被探测到的病原体的数量是有限的。

Schlaberg解释说,Taxonomer可以识别感染没有医生必须决定哪些测试,pcr测试不能做的事情。换句话说,医生没有怀疑病人感染的原因,但可以简单地问,“我的病人有哪些?”和Taxonomer将识别病原体。

在新的研究中,Taxonomer考验着现实世界的情况下使用他人发表的数据和提供的样品ARUP实验室和疾病控制和预防中心(CDC)。Taxonomer决定,有些患者表现出类似于博尔纳病毒基因的症状在最近非洲爆发埃博拉但没有严重的细菌感染,可能导致他们的症状。“这项技术可以被应用时我们不知道这种疾病的原因,包括突然的爆发疾病的检测。很明显我们迫切需要更精确的诊断,大大提高公共卫生反应和临床护理的能力,“Seema Jain说,医学博士,医学疾病预防控制中心的流行病学家。

Taxonomer的另一个独特的特性是其深入研究人类的能力基因表达配置,它提供的信息或者病人的身体对感染做出反应。“作为一个临床医生,这给你一个更好的主意,当我们识别病原体是否真的病的原因,”嘉莉说l . Byington U的儿科医学博士教授U和联合中心的临床与转化科学。bob电竞“这个工具还允许我们确定病人是否应对细菌或病毒感染,当我们找不到一种病原体或当我们发现多个潜在的原因。”She says that she sees the exceptional value of this tool for treating children, who experience more life-threatening infections early in life. "Seeing how a host [patient] reacts is extremely valuable; I believe this is a paradigm shift in how we diagnose people. It is why I wanted to be involved."

在先前发表的论文临床微生物学杂志,Schlaberg和他的同事证明了高通量测序结合Taxonomer可以可靠地检测病原体,并确定以前错过的病原体,在患者样本。“Taxonomer提供了一个关键的一步,因为它非常快速,准确,实施和容易使用的诊断实验室、“Schlaberg说。