研究人员开发新的DNA测序方法诊断肺结核

研究人员在英国和冈比亚,已经开发出一种新方法的诊断结核病(TB),依赖于DNA直接测序从痰中提取(称为宏基因组)的技术检测和描述导致结核病的细菌而不需要费时的细菌在实验室的文化。

据研究,今天在同行评议的杂志上PeerJ马克Pallen教授的指导下,沃里克大学医学院的微生物基因组学教授和马丁•安东尼奥博士结核病诊断实验室的主管英国医学研究理事会(MRC)单位在冈比亚。bob88体育平台登录

“结核病的实验室诊断使用传统的方法是一个长期漫长的过程,需要几周或几个月,“Pallen说。“此外,依靠实验室文化意味着使用技术,可以追溯到1880年代!使用最新的高通量宏基因组测序技术和一些智能生物信息学,允许我们检测和描述细菌导致结核病的一到两天,没有细菌生长,同时也给了我们关键洞察他们的基因组序列和他们属于的血统。”

在这项研究中,Pallen在沃里克和他的团队,包括一年级博士生艾玛的马丁博士bioinformatician警官,曾与非洲科学家马丁·安东尼奥和Ifedayo博士Adetifa开发和利用新型测序和分析的方法。结核病诊断实验室的负责人安东尼奥MRC单元在冈比亚,说,“结核病仍是一个大问题在非洲和世界各地。这是令人兴奋的参与新的诊断方法的发展这致命的疾病。”

研究小组发现序列从八个痰中结核细菌样本调查和细菌能够分配到一个已知血统的7个样本。两个样品被发现包含序列分枝杆菌africanum各种特定的结核菌西非。

艾玛勇敢的,在纸上第一作者说:“这是一个特权在非洲工作。我期待着回归分析更多的样品和完善我们的技术,这样我们可以直接从宏基因组序列检测耐药。到目前为止的工作是一个伟大的开始我的博士!”

Pallen和他的同事使用猎枪宏基因组之前检测细菌病原体在人类当代和历史材料。去年,他的研究小组利用宏基因组获得爆发菌株基因组从粪便样本大肠杆菌结核病疫情和恢复基因从匈牙利~ 200岁高龄的木乃伊。今年早些时候,他们恢复了布鲁氏菌的基因组melitensis,导致一个叫做布鲁氏菌病感染的牲畜和人类,从700岁的骷髅从撒丁岛,意大利。

Pallen和安东尼奥团队旨在测试宏基因组技术在广泛的样本。他们希望宏基因组将帮助检测混合超过一种的细菌引起的感染。然而,他们强调,宏基因组仍在某种程度上从日常诊断使用。

“我们在这里提供了理论水平,但我们仍然需要使宏基因组更加敏感和改善我们的工作流。但警告放在一边,让我们庆祝这一事实宏基因组愿文档过去和现在的感染,揭示出现,微生物病原体的进化和传播!”Pallen says.