研究人员擅长预测癌症药物敏感性

赫尔辛基信息技术研究所HIIT和芬兰分子医学研究所FIMM的研究人员开发了一种成功的解决方案，用于预测乳腺癌细胞对一系列癌症药物的反应。这一预测是基于癌细胞的基因组图谱。利用细胞的基因组图谱来选择最好的治疗方法被认为是个性化医疗的圣杯。

该团队参加了由美国组织的第七届年度DREAM比赛国家癌症研究所(NCI)和逆向工程评估和方法对话(DREAM)。他们的挑战是将高要求的科学问题众包给世界各地的顶级研究团队。最好的解决方案将发表在顶级期刊上。

由阿尔托大学和赫尔辛基大学联合研究中心HIIT主任Samuel Kaski教授领导的团队将于11月13日在旧金山举行的DREAM 2012会议上展示其获奖解决方案。该团队的解决方案在预测挑战中胜过了其他47个团队。

计算方法整合了癌细胞基因组剖面的多个视图

众所周知，药物疗法可以有效地杀死一名患者的癌细胞，但对患有同一类型癌症的另一名患者却无效。然而，药物反应差异背后的分子决定因素还没有被充分理解。

Kaski解释说:“计算个性化医疗的一个目标是开发模型，根据细胞的基因组档案预测细胞的药物敏感性。”

NCI-DREAM挑战赛的组织者提供了乳腺癌细胞用于训练计算灵敏度预测模型．他们根据参与者不知道的药物测试测量结果来评估参与者的模型。

在大多数目前的生物医学实验中，已经收集了几种类型的测量癌细胞:基因活性，表观遗传学和遗传资料．关键问题是优化地组合不同测量产生的互补“视图”。

Kaski说:“我们一直在为这些‘多视图’问题开发新的机器学习方法，这些问题在许多领域都有出现，它们给了我们一个良好的开端。”

HIIT和FIMM早在比赛之前就在个性化医疗方面进行了合作。

“这个挑战是我们集思广益的绝好机会。不同背景的人对这个问题提出了不同的观点，并带来了他们自己的专业知识和经验来改进综合解决方案，”HIIT研究员伊丽莎白·乔治博士说。

尽管这一结果离临床应用还有很长的路要走，但计算个性化医疗已经迈出了令人鼓舞的、获奖的一步。